Le cumul du CIR, du CII, du statut JEI et de l'IP Box est possible mais encadré par une règle simple : une même dépense ne peut être valorisée qu'une seule fois. Un poste de personnel R&D intégré au calcul du CIR ne peut pas l'être également au CII. Le statut JEI ouvre des exonérations sociales et d'impôts locaux indépendantes du CIR, les deux dispositifs se cumulent donc sans conflit. L'IP Box porte sur les revenus tirés de la propriété intellectuelle, à un stade postérieur à la R&D, et se cumule également avec le CIR. Sintorin construit l'articulation des dispositifs pour maximiser le bénéfice global sans double-comptage.

Les entreprises éligibles aux dispositifs CIR, CII, JEI et IP Box répondent à des critères distincts selon le dispositif. Le CIR est ouvert à toutes les entreprises soumises à l'impôt sur les sociétés qui engagent des dépenses de recherche, sans condition de taille ni de secteur. Le CII s'adresse aux PME au sens européen (moins de 250 salariés, chiffre d'affaires inférieur à 50 M€) qui développent des prototypes ou installations pilotes de produits nouveaux. Le statut JEI vise les PME de moins de 11 ans dont les dépenses R&D représentent au moins 20 % des charges fiscalement déductibles. L'IP Box concerne les entreprises qui tirent des revenus de brevets, de logiciels protégés ou de procédés brevetables. En pratique, ces dispositifs deviennent stratégiques à partir de 200 000 € à 300 000 € de dépenses annuelles R&D.

Le délai de contrôle d'une déclaration CIR par l'administration fiscale est de trois ans à compter de l'année de déclaration. En 2026, l'administration peut contrôler les déclarations souscrites au titre des exercices 2022, 2023, 2024 et 2025. Ce délai est porté à dix ans en cas de manquement grave, d'activité occulte ou de fraude fiscale, en application de l'article L169 du Livre des procédures fiscales. La conservation des justificatifs techniques et financiers doit donc couvrir au minimum cette période.

Les principaux motifs de redressement en contrôle CIR sont au nombre de trois. Premièrement, un dossier technique qui ne démontre pas l'éligibilité des travaux au regard des critères du Manuel de Frascati (caractère scientifique nouveau, verrou technique, démarche expérimentale). Deuxièmement, des dépenses de personnel mal tracées, notamment l'absence de feuilles de temps R&D ou des ratios non justifiés. Troisièmement, des sous-traitances confiées à des prestataires non agréés ou imputées à des entités hors Union européenne. Le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche rend un avis scientifique quasi-systématiquement suivi par l'administration, ce qui rend la qualité du dossier technique aussi déterminante que celle des justificatifs financiers.

En cas de remise en cause du CIR, l'entreprise reçoit une proposition de rectification et dispose de 30 jours pour formuler ses observations, délai prorogeable de 30 jours sur simple demande. Plusieurs voies de recours existent ensuite : recours hiérarchique auprès du supérieur du vérificateur, saisine du comité consultatif du CIR, contentieux devant le tribunal administratif. Sur les dossiers défendus par Astalia, pôle R&I du groupe Sintorin, 100 % des rectifications proposées ont été réduites après intervention et 85 % des montants initialement rejetés ont été récupérés.

Le temps mobilisé par les équipes internes pour une mission CIR varie de 5 à 15 demi-journées sur l'année, selon le nombre de projets et la maturité documentaire de l'entreprise. La majeure partie de la production (rédaction du dossier scientifique, calculs financiers, sécurisation des justificatifs) est portée par les consultants Sintorin. Les équipes R&D et finance interviennent principalement sur la fourniture d'éléments factuels et la validation des livrables, pas sur la construction du dossier.

Le modèle de rémunération de Sintorin pour une mission CIR ou CII est principalement au succès : un pourcentage du crédit d'impôt obtenu, perçu après validation de la déclaration. Cette structure aligne l'intérêt du cabinet sur celui de l'entreprise et limite l'exposition financière en amont. Les missions d'audit ponctuel, de formation des équipes et d'assistance en contrôle fiscal peuvent faire l'objet d'une facturation au forfait ou en régie.

La différence entre Sintorin et un expert-comptable sur le CIR tient au périmètre de compétence. L'expert-comptable maîtrise la fiscalité d'entreprise et la production de la liasse fiscale, dont le formulaire 2069-A déclaratif du CIR. La qualification scientifique des travaux de R&D, en revanche, suppose une formation d'ingénieur ou de chercheur et une lecture précise du Manuel de Frascati. Sintorin intervient en complément de l'expert-comptable, sur le périmètre où la compétence scientifique est déterminante : qualification des projets, rédaction du dossier technique, défense en cas de contrôle.

Un premier échange avec Sintorin commence par un audit initial gratuit et sans engagement. Cet audit permet d'identifier les dispositifs mobilisables (CIR, CII, JEI, IP Box), d'estimer un ordre de grandeur du financement potentiel et de cadrer la méthode de travail. Sintorin remet ensuite une proposition d'accompagnement détaillée, précisant le périmètre, les livrables et les conditions de rémunération. La décision d'engagement intervient à ce stade.